Im Jahr 1761 wurde der zuvor abgebrannte Turm durch eine barocke Haube mit Aufsätzen, Schweif- und Zwiebelkuppeln ersetzt. Dabei versuchte man, der Schiefstellung entgegenzuwirken, was später die weitere Neigung besonders hervortreten ließ.
Nach der Reformation, die mit Plünderungen in der Kirche einherging, wurde in der Oberkirche 1539 die erste protestantische Predigt der Stadt gehalten.
Im Jahr 1382 wurde die Oberkirche als mehrschiffige Basilika auf romanischen Fundamenten fertiggestellt. Einige gotische Elemente blieben bis heute erhalten: so das achteckige Turmgewölbe und einige spitzbogige Türen und Fenster.